本行寺は、永正2年(1505年)2月、小宮山弾正の家臣嶋根左近が開基し、鎌倉の本行院住職であった叔父の日正上人をお迎えして開山されました。
当山には樹齢1000年と言われた大山紅葉がありました。俳聖芭蕉や、当山掲額に見られるとおり、「紅葉のお寺」として由縁のあるものであります。
本行寺の大山紅葉は、昭和7年、天然記念物に指定されました。しかし、昭和20年3月の空襲の被害を受け枯れてしまいました。現在、境内に残る山紅葉は昭和26年に、天皇の御名代・賀陽宮様がお手植えされたものです。
境内には天然記念物に指定された際の石碑が残っています。
釋迦牟尼沸(一塔両尊四士)をご本尊・高祖日蓮大聖人像は佛師日法上人により文明16年(1484年)に作られたもので、鎌倉の本山、此企谷長興山妙本寺に祭られておりましたものを創立時、当山に安置されました。
元禄2年(1689年)芭蕉が吟行の旅の途中、この紅葉の話を知り、同時に立ち寄り「尊かるなみたや染めて散る紅葉」の句を残されました。
境内には句碑が残されています。
当山開祖・日正上人が、開山翌年に書かれた題目曼荼羅です。御曼荼羅は、諸佛や菩薩と神々を一完の方式にて文字で配列し、「悟りの世界」を現しております。
浄行菩薩、昭和53年(1978年)11月4日柴又帝釈天第十八世望月日翔師を導師にお迎えし開眼供養が行われました。大切な人や自身の患っている箇所を祈願し念じながら日々磨く事により、清められ様々な奇跡や功徳が授かるといわれ「身代わり菩薩」とも言われています。